インストール時に作成した、LocalSettings.phpに以下の行を加える。

$wgFavicon = “faviconのパス”;

まぁ、画像系なのでロゴURL設定と並べて書いておくのがキレイかなってことでこんな感じ

$wgLogo       = "$wgStylePath/common/images/wiki.png";
$wgFavicon    = "$wgScriptPath/images/favicon.ico";